严谨文献检索

当你需要说明文献是怎样找到、筛选并用于研究的，可以采用这套流程。 先明确研究问题和已经约定的综述协议，再据此选择来源、时间范围和检查方法。

Qiongli 提供什么

原生 MCP 可通过已配置的 OpenAlex、Semantic Scholar、Crossref、PubMed 和 arXiv 进行有范围限制的检索。qiongli_search_plan 提出路径和查询建议， qiongli_literature_search 执行文献服务请求，返回规范化结果和诊断。 配置方法见文献服务接入。

Host 可以结合自身可用的原生搜索和获准读取的本地材料。引用追踪、全文获取和筛选 仍需要实际来源及相应工具。检索方案、网址或元数据条目都不等于已经拿到论文， 旧 Python 版的适配器接口也不能当作已安装的原生工具。

保留检索记录

正式综述按任务需要保留 search_strategy.md、search_log.md、search_results.csv、 dedup_log.csv、snowball_log.md、bibliography.bib、screening/full_text.md 和 retrieval_manifest.csv。记录服务、查询式、日期、筛选条件、排除理由与失败情况， 并在提取和综合时沿用 citekey 与来源位置。保存仍使用项目原有的预览和批准流程。

检查覆盖范围，避免夸大结果

任何服务都不能证明检索绝对完整。应按协议选择合适的检查：

检查	能说明什么
已知文献召回	检索策略是否找到了预期应纳入的论文
概念与来源覆盖	要求的查询组合和数据库是否查过，零结果或不可用路径是否有说明
重复结果趋于饱和	新增查询是否主要返回已有记录；这一点本身不能证明完整性
引用追踪	是否完成并记录了协议要求的前向、后向追踪
全文可得性	哪些待获取的报告已经实际拿到并能够阅读

native_fulltext_queries 中的建议仍需 Host 执行，并保留候选网址和访问日期。 核验 Zotero 附件时，也要检查实际文件：文献库中存在匹配条目，不代表有可读 PDF； 拿到 PDF，也不代表它支持某个具体论点。

根据实际读到的材料，为提取的论点记录 evidence_limit：full_text、 abstract_only、metadata_only 或 unavailable。 预印本与正式发表版本不同时，还要保留所用版本的信息。 若论点依据的是用户提供的正文摘录，阅读模板沿用 full_text，但必须在来源位置或 限制说明中明确写出“仅正文摘录”及已读、缺失的部分。这只说明该论点使用了正文 证据，不表示取得或读完了整篇论文；获取状态和文献覆盖仍单独记录，并保留来源 文件原有的访问范围描述。

将结果接入 Graph

审阅提取结果后，再提出结构化论点和来源关联，保存时保留不确定性与未解决的冲突。 Research Graph 用来检查已经保存的关系， 不能代替筛选决定，也不能证明检索召回率。

回读已经保存的原文片段 — 2.4.0 候选版

候选版读取接口可以选取来源文件中的一个已知文本字段。先读取项目当前修订号， 通过 qiongli project document list 恢复保存记录；只有 current 条目中的 readArguments 可用于回读。保留其中的路径与整个文件的 SHA-256，再用原始文件 读取接口检查真实结构，确定片段位置。

例如，实际检查确认原文位于 /segments/2/text 后，可以执行：

qiongli project document read \
  --project-id <prj_id> --expected-project-revision <revision> \
  --relative-path sources/<citekey>/<sha256>.json --expected-sha256 <sha256> \
  --json-pointer /segments/2/text --max-bytes 4096 --json

Full MCP 的 qiongli_project_document_read 提供相同的可选参数 json_pointer。 先检查 CLI 帮助或实际工具声明；旧版仍使用原始读取。数组形式的来源文件可能使用 /0/segments/2/text，示例路径不能代替检查实际文件。

返回值包含解码后的原文、jsonPointer 和 selectedTextSizeBytes。字节偏移及 nextOffsetBytes 对应这段文本；sha256 和 sourceSizeBytes 仍对应整个原始 来源文件。分页时保持定位参数、项目修订号和文件摘要不变。定位错误或文件变化时 操作会拒绝，不会自动换用其他片段，也不会搜索其他文件。

将这个位置保留在现有论断或阅读笔记中，同时记录原始文献版本、章节、表格或页码。 判断论断是否得到支持前，还要检查相关上下文和表下注释。字节位置不是论文页码， 原文回读成功也不代表学术核查通过。

在保存材料中查找原文 — 2.4.0 候选版

候选版可以在一个明确选定、已绑定版本的保存文件中查找原文。按上述步骤取得 当前有效的文件记录后，使用原文中的短语检索：

qiongli project document search \
  --project-id <prj_id> --expected-project-revision <revision> \
  --relative-path sources/<citekey>/<sha256>.json --expected-sha256 <sha256> \
  --search-text '原文中的短语' --max-matches 8 --context-bytes 128 --json

Full MCP 在 qiongli_project_document_read 中加入 search_text 即可使用 相同能力，此时不要传入读取模式的 offset_bytes 或 max_bytes。先检查实际 帮助或工具声明。可选的 json_pointer 将范围限定到一个已知文本字段；未指定时， 来源文件会检索解码后的所有字符串值，包括元数据，笔记与检索历史则检索原始文本。 匹配区分大小写、逐字且不重叠，不做翻译、规范化，也不跨字段拼接。

每个命中包含上下文、UTF-8 字节位置，以及能通过读取接口重现上下文的 readArguments。context_bytes 分别限制命中前后两侧的字节数；需要更多 上下文时，可继续扩大读取范围。不同位置的重复文本分别保留。先检查原始版本、 章节或页码等元数据及实际内容，再判断命中能否支持论断；把经过审阅的位置保留在 现有笔记和证据记录中。字节位置不是论文页码，元数据中的命中也不是正文证据。

分页时将 nextMatchOffset 传给 --match-offset，将 searchSha256 传给 --expected-search-sha256，保持检索短语、定位字段、上下文大小、每页数量、 项目修订号及文件摘要不变。绑定变化时操作拒绝。searchScope、 scannedTextFields 和 totalMatches 只描述本次保存材料的检索范围；没有命中 不能说明完整论文中不存在相关内容。其他选定来源可通过各自的有效绑定逐一检索。 这个读取接口本身不自动识别正文论断，也不代替跨来源的语义审查。

从正在撰写的正文回溯证据 — 2.4.0 候选版

追踪从实际正文开始，并覆盖图表说明和注脚。一句话可能包含事实、解释和推论， 需要分别核查；台账中没有记录的断言也不能漏掉。保留最终原句及所在位置，只有 含义一致时才复用已有论断 ID，阅读笔记中的局部编号不能直接当作项目论断编号。

写作 Host 沿论断表、相关台账行、阅读笔记逐项找到原始文献或本研究的分析输出， 保存的来源文件使用上面的绑定读取和检索流程。摘要式笔记或 Graph 中的支持关系 不能代替实际读证据。分别说明支持材料、相反材料和各自限制；版本不明、上下文 缺失或文件变化时保留缺口，不能为了匹配正文而换用另一个版本或摘要。

来源核查之外，还要检查行文：解释证据怎样支持本段的要点、下一段如何接着推进， 并说明读者理解论证所需的概念。关键推理和限制放在正文中；允许使用注脚时，可将 有用的次要说明放入注脚，并核查它自己的来源。引用齐全也可能写得浅、衔接差。 改变含义的修订完成后，同时复核来源匹配和整段表达。

这由 Host 使用现有记录和工具完成，不是原生程序自动识别论断或自动批准学术内容。 直接请求一段文字时，无须创建项目或附加未要求的论断表。安装后完整流程及最终 候选版验证仍按 2.4 计划单独推进。

让综合与后续修订保持可追踪 — 2.4.0 候选版

阅读矩阵中的论断 ID、各来源版本和具体原文位置，应继续进入阅读摘要、跨文献综合 和正文论断地图。综合得出的推论有自己的身份，并列明依据哪些原始论断。围绕本文 问题比较研究设计、测量、时间和不确定性，解释这些差异对论证的影响。同一研究的 多份笔记或报告不是独立验证，文献数量本身也不能证明共识；未能读取不等于反证。

来源变化后，由 Host 比较新旧内容，沿受影响的论断检查实际正文，包括改写后的 表达、背景、摘要和注脚。交付时给出修订文字及影响说明，同时保留仍然成立的结论 及理由。结果更正、新取得正文、文件重新格式化和获取失败需要分别处理，不能仅凭 文件散列变化判定学术结论变化。保留旧来源、审查结果与失败记录，说明未决事项 还需要什么证据。

这些比较使用现有决策日志和交接记录；已保存的阶段总结新增一个关联前版的修订。 原生 Graph 和文件变化读取不会自动识别全部语义依赖。拟议修改仍通过项目原有的 预览、批准和修订检查；回读原文或更新矩阵本身不代表正文审查通过。